1 – تبصره زیر به ماده 2 الحاق می گردد:
تبصره- در اجرای وظایف و اهداف مندرج در مواد یک و دو، دادسرای ویژه روحانیت می تواند از طریق مراکز حوزوی، سازمان تبلیغات اسلامی، مرکز امور مساجد و سایر نهادهای مرتبط به امور روحانیت اقدام نماید، نهادهای فوق در زمینه اجرای موارد مذکور موظف به همکاری با دادسرای ویژه روحانیت می باشند.

2 – ماده 5 به شرح زیر اصلاح می گردد:
الف – پست قائم مقام حذف می شود.
ب – معاون امور استانها به تعداد معاونین افزوده می شود.
ج – معاون سیاسی به معاون بررسی و پیشگیری تغییر می یابد.

3 – ماده 6 به شرح زیر اصلاح می شود:
- معاونت تحقیقات و عملیات به معاونت تحقیقات و امور اجرائی تغییر می یابد.

4 - ماده 7 به شرح زیر اصلاح و تبصره ذیل به آن اضافه می شود:
عبارت ( با اخذ تمایل از آنان ) پس از کلمه شهرستان به ماده فوق افزوده می شود.
تبصره – در صورت ضرورت جابجائی قضات فوق الذکر بدون تمایل، موضوع قبلاً در جلسه متشکل از دادستان منصوب و معاون قضائی او و رئیس شعبه اول دادگاه های ویژه روحانیت بررسی و به تصویب می رسد.

5 – ماده 9 به شرح زیر اصلاح می گردد:
ماده 9 – دادسرای ویژه روحانیت در شهرها و یا حوزه های قضایی مشروحه ذیل تشکیل می گردد:
تهران: استان های تهران و سمنان.
قم: استان های مرکزی و قم و شهرستان کاشان.
مشهد: استان های خراسان رضوی، خراسان شمالی، خراسان جنوبی و سیستان و بلوچستان.
اصفهان: استان های اصفهان ( به استثنای کاشان ) ، یزد و چهارمحال و بختیاری.
شیراز: استان های فارس، بوشهر، کهکیلویه و بویراحمد.
تبریز: استان های آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، اردبیل و زنجان.
ساری: استان های گلستان و مازندران.
اهواز: استان های خوزستان و لرستان.
کرمان: استان های کرمان و هرمزگان.
همدان: استان های کرمانشاه، کردستان، همدان و ایلام.
رشت: استان های گیلان و قزوین.

6- ماده 11 حذف می شود.

7 - ماده 13 به شرح زیر اصلاح می گردد:
1 – کلمه عمومی از بند الف آن حذف می شود.
2 – تبصره 3 به شرح زیر به ان الحاق می شود:
تبصره 3 – کلیه اتهامات اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای نگهبان، نمایندگان مجلس شورای اسلامی، وزراء و معاونین آن ها، معاونان و مشاوران رؤسای سه قوه، سفرا، دادستان و رئیس دیوان محاسبات، دارندگان پایه قضائی، استانداران و فرمانداران و جرائم عمومی افسران نظامی و انتظامی از درجه سرتیپ و بالاتر، و مدیران کل اطلاعات استان ها که به لحاظ روحانی بودن نامبردگان فوق پرونده آنان در دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت مطرح می گردد و نیز کلیه اتهامات نمایندگان مجلس خبرگان رهبری و ائمه جمعه در دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت تهران رسیدگی خواهد شد.

8 – ماده 23 به ترتیب ذیل اصلاح می گردد:
در مورد جرائم مشهود ضابطین موظف اند فوراً اقدامات لازم را برای حفظ آلات و ادوات و آثار و علائم و دلائل جرم و جلوگیری از فرار متهم و یا تبانی بعمل آورند و تحقیقات مقدماتی را انجام و در اسرع وقت موضوع را به دادستان ویژه اطلاع دهند.

9 – ماده 24 حذف می شود.

10 – ذیل ماده 25 عبارت زیر اضافه می شود:
« این افراد در زمان انجام مأموریت در حکم ضابطین قضلئی می باشند».

11 – ماده 28 به شرح زیر اصلاح می گردد:
عبارت ( تحت تعقیب دادسرای ویژه ) به ( تحت تعقیب قانونی ) تبدیل می گردد.

12 - ماده 32 به شرح زیر اصلاح و تبصره ای به آن اضافه می شود:
صدر ماده 32 تا کلمه به جزء قضات حذف و عبارت « در خصوص تعقیب کیفری دارندگان پایه قضائی » جایگزین آن می شود.
تبصره – از آنجا که هدف قانونگذار از تعلیق قاضی قبل از رسیدگی به اتهام حفظ شؤون قضا و قاضی می باشد در صورتی که متهم مایل باشد و کتباً تقاضای رسیدگی به پرونده را بنماید دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت می توانند بدون انجام تعلیق اقدام به رسیدگی نماید.

13 - ماده 34 به شرح زیر اصلاح می شود:
ماده 34 – قرارهای صادره بجز موارد زیر پس از موافقت دادستان قطعی است.
الف – قرار بازداشت موقت که در صورت اعتراض متهم در فرجه قانونی توسط دادستان کل ویژه روحانیت یا معاون قضائی وی خارج از نوبت بررسی می گردد و چنانچه اعتراض متهم را وارد تشخیص دهند قرار بازداشت موقت را نقض و پرونده به منظور اخذ تأمین مناسب دیگر به شعبه صادر کننده قرار اعاده می گردد.
ب – قرار منع تعقیب یا موقوفی تعقیب که در صورت اعتراض شاکی یا مدعی خصوصی در فرجه قانونی در دادگاه ویژه روحانیت قابل رسیدگی است.

14 - ماده 42 به شرح زیر اصلاح می شود:
ماده 42 – احکام دادگاه ها باید مستدل و مستند به قوانین موضوعه و موازین شرع باشد.

15 – ماده 43 به شرح زیر اصلاح و یک تبصره به آن الحاق می شود:
ماده 43 – دادگاه مجرمینی را که با ارتکاب جرم، موجب هتک حیثیت و شؤون روحانیت گردیده اند و یا افرادی که فاقد صلاحیت پوشیدن لباس روحانیت هستند را به خلع لباس روحانیت ( بصورت دائم یا موقت ) محکوم می نماید.
تبصره – کسانی که از حکم دادگاه در مورد نپوشیدن لباس تخلف کنند به حکم دادگاه ویژه به مجازات تعزیری محکوم خواهند شد.

16 – ماده 44 سابق حذف و ماده زیر جایگزین آن می شود:
ماده 44 – اعضاء هیأت منصفه دادگاه ویژه روحانیت 14 نفر خواهند بود و توسط هیأتی مرکب از دادستان کل ویژه روحانیت، رئیس شعبه اول دادگاه، رئیس سازمان تبلیغات اسلامی، نماینده شورای سیاستگذاری ائمه جمعه سراسر کشور، نماینده شواریعالی حوزه علمیه، از میان افراد روحانی شاغل در مشاغل فرهنگی، حوزوی، دانشگاهی، قضائی، اداری و سایر مشاغل مرتبط بمدت دو سال انتخاب می گردند، احکام ایشان توسط رئیس شعبه اول دادگاه صادر خواهد شد.

17 – تبصره زیر به ماده 45 الحاق می شود:
تبصره – بیست درصد از کل بودجه مصوب دادستانی ویژه روحانیت خارج از شمول قانون محاسبات خواهد بود.

18 - تبصره زیر به ماده 46 الحاق می شود:
تبصره – پست قضائی و تعیین گروه قضات دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت به پیشنهاد دادستان کل ویژه روحانیت و تصویب رئیس قوه قضائیه خواهد بود. ابلاغ قضائی قضات حسب مورد پس از پیشنهاد دادستان منصوب یا رئیس شعبه اول دادگاه توسط رئیس قوه قضائیه صادر ولی تعیین شعبه و محل خدمت آنان حسب مورد توسط دادستان منصوب یا رئیس شعبه اول دادگاه خواهد بود و کلیه حقوق و مزایای قضات شاغل در دادسرا و دادگاه ویژه روحانیت از محل اعتبار قوه قضائیه پرداخت خواهد شد.

19- مواد زیر به آئین نامه الحاق می شود:
ماده 48 – احکام دادگاه های ویژه روحانیت از سوی محکوم علیه یا شاکی یا قائم مقام قانونی آنان قابل اعتراض است و در صورت عدم اعتراض در فرجه قانونی قطعی خواهد شد.
تبصره 1 – چنانچه دادستان کل ویژه روحانیت احکام قطعی یا غیر قطعی دادگاه ویژه روحانیت را خلاف شرع یا قانون بداند نسبت به رأی صادره اعتراض نموده و عنداللزوم حکم را متوقف می کند و پرونده را جهت رسیدگی به دادگاه تجدیدنظر ارسال می نماید.
تبصره 2 – چنانچه دادستان مجری حکم رأی صادره را خلاف موازین تشخیص دهد بدواً اعتراض خود را به قاضی صادر کننده تذکر می دهد. در صورت عدم قبول قاضی، پرونده را همراه با نظریه مستدل نزد دادستان منصوب ارسال می نماید و دادستان منصوب برابر تبصره یک اقدام خواهد کرد.
تبصره 3 – چنانچه متعاقب اعتراض محکوم علیه یا شاکی یا تذکر دادستان کل ویژه روحانیت یا دادستان مجری حکم، قاضی دادگاه ویژه روحانیت متوجه اشتباه خود در حکم صادره شود، در صورتی که موضوع از مصادیق بند ب ماده 49 اصلاحی باشد رأی اصلاحی صادر می نماید و در غیر اینصورت پس از نقض حکم، پرونده را جهت رسیدگی توسط شعبه دیگر به دفتر دادگاه های ویژه روحانیت اعاده می نماید.
ماده 49- دادگاه تجدیدنظر ویژه روحانیت مرجع رسیدگی به اعتراض است که پس از وصول پرونده و رسیدگی به شرح زیر اقدام می نماید:
الف – در صورتی که رأی را صحیح و منطبق با موازین شرع و قانون بداند آن را ابرام می کند.
ب – در صورتی که اساس رأی صحیح بوده ولی متضمن اشتباه جزئی در محاسبه محکوم به یا ماده استنادی و امثال آن باشد رأی اصلاحی صادر می نماید.
ج – در صورتی که رأی صادره دارای ایراد ناشی از نقص تحقیقات باشد، دادگاه تجدیدنظر موارد نقص را مشخص نموده و رأی صادره را نقض و پرونده را جهت رفع نقص به دادگاه بدوی رسیدگی کننده اعاده می نماید شعبه مزبور مکلف است پس از رفع نقص، حکم مقتضی صادر نماید.
د – در صورتیکه رأی دارای ایراد اساسی باشد آن را نقض نموده و رأساً رسیدگی و انشاء رأی می نماید.
آراء صادره از محاکم تجدیدنظر قطعی است.
ماده 50 – هر شعبه از دادگاه تجدیدنظر ویژه روحانیت از یک رئیس و دو مستشار تشکیل و با اکثریت آراء اتخاذ تصمیم می نماید، رئیس محاکم ویژه روحانیت که منصوب از طرف مقام معظم رهبری است رئیس شعبه اول دادگاه تجدیدنظر نیز می باشد، تعیین تعداد شعب و قضات آن و ارجاع پرونده به آنان بر طبق این آئین نامه خواهد بود.
ماده 51 – محکوم علیه یا قائم مقام قانونی وی یا دادستان کل ویژه روحانیت، مطابق قوانین مربوطه مجاز به تقاضای اعاده دادرسی در خصوص احکام قطعی دادگاه های ویژه روحانیت می باشند مرجع رسیدگی به تقاضای اعاده دادرسی و اتخاذ تصمیم در مورد آن، دادگاه تجدیدنظر ویژه روحانیت می باشد دادستان منصوب یا نماینده وی می تواند در جلسه رسیدگی حضور یابد و نسبت به موضوع اظهارنظر کند.
ماده 52 – بجز در مواردیکه در این قانون تصریح شده است، وظائف و اختیارات قضات دادسرا و دادگاه حسب مورد بر طبق مقررات عمومی آئین دادرسی کیفری می باشد.