الف - طراحی و پیاده ‌سازی نظام ملی نوآوری بر اساس برنامه جامع توسعه فناوری‌ و گسترش صنایع نوین.

ب - ساماندهی نظام پژوهش و فناوری کشور (تا پایان سال اول برنامه چهارم) از‌ طریق تعیین اولویت‌ ها، هدفمند کردن اعتبارات و اصلاح ساختاری واحدهای پژوهشی‌ در قالب مأموریت‌ های ذیل:
- تربیت نیروی انسانی روزآمد در فرآیند پژوهش و فناوری.
- توسعه مرزهای دانش.
- تبدیل ایده به محصولات و روشهای جدید.
- تدوین و تولید دانش فنی و انجام تحقیقات نیمه صنعتی.
- انتقال و جذب فناوری.
- پژوهش به ‌منظور افزایش توان رقابتی بخش‌ های تولیدی و خدماتی کشور.
- انجام پژوهشهای کاربردی در خصوص حل مشکلات کشور.

ج - نوسازی شیوه‌ های مدیریت بخش پژوهش از جمله: ایجاد شبکه‌ های ‌واحدهای پژوهش و فناوری همگن به عنوان دستگاههای اجرایی با مأموریت توزیع ‌هدفدار و بهینه اعتبارات تحقیقاتی و نظارت و پایش فعالیتها در زمینه‌ های علمی مربوطه با ‌تکیه بر شاخصهای جهانی.

د - توسعه همکاریهای مؤثر بین ‌المللی در عرصه پژوهشی و فناوری از طریق ‌اصلاح و ساده‌ سازی قوانین و مقررات مربوطه.

هـ - افزایش یکنواخت سرمایه ‌گذاری دولت در امر پژوهش و فناوری (موضوع ‌مأموریتهای مندرج در بند «ب») به میزان حداقل دو درصد (2%) تولید ناخالص داخلی از ‌محل اعتبارات عمومی دستگاههای اجرایی و یک درصد (1%) درآمد عملیاتی شرکتهای دولتی، بانکها (به ‌استثنای سود سپرده ‌های بانکی) و مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت و ‌بخش غیردولتی تا پایان برنامه چهارم و سمت ‌دهی سرمایه‌ گذاری فوق در جهت ‌پژوهش‌ های مأموریت ‌گرا و تقاضامحور.