الف - مدیران سازمان‌ های مناطق آزاد به‌ نمایندگی از طرف دولت، بالاترین مقام منطقه محسوب می‌ شوند و کلیه وظایف، اختیارات و مسؤولیت‌ های دستگاههای اجرائی دولتی مستقر در این مناطق به‌ استثنای نهادهای دفاعی و امنیتی به‌ عهده آنها است. سازمان‌ های مناطق آزاد منحصراً براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی و اصلاحات بعدی آن و قانون کار اداره می ‌شوند.

ب - کالاهای تولید و یا پردازش‌ شده در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی به‌ هنگام ورود به سایر نقاط کشور به نسبت مجموع ارزش افزوده و ارزش مواد اولیه و قطعات داخلی به کار رفته در آن، تولید داخلی محسوب و از پرداخت حقوق ورودی معاف است.

پ - هزینه‌ های بندری مربوط که طبق قوانین جاری از کشتیها و شناورها بابت خدمات بندری دریافت می ‌شود در صورتی که این بنادر توسط بخشهای خصوصی، تعاونی و مناطق آزاد تجاری - صنعتی در محدوده مناطق آزاد ایجاد شده باشند، توسط سازمان‌ های مناطق آزاد مربوطه أخذ می ‌شود. مناطق آزاد مجازند نسبت به ثبت و ترخیص کشتیها طبق قوانین جاری و بین ‌المللی اقدام کنند.

ت - مبادلات کالا بین مناطق آزاد و خارج از کشور و نیز سایر مناطق آزاد از کلیه عوارض (به‌ استثنای عوارض موضوع ماده (۱۰) قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی جمهوری اسلامی ایران مصوب 7 /6 /1372)، مالیات و حقوق ورودی معاف می ‌باشند.

ث - به منظور گسترش ارتباطات علمی با مراکز و نهادهای آموزشی و تحقیقاتی معتبر بین ‌المللی، ایجاد نمایندگی دانشگاههای داخلی و معتبر خارجی بر طبق اعلام وزارتخانه ‌های ذی ‌ربط و تأسیس دانشگاههای خصوصی در مناطق آزاد تجاری - صنعتی و ویژه اقتصادی با رعایت قوانین مربوط مجاز است.

ج - محدوده آبی مناطق آزاد تجاری - صنعتی با رعایت ملاحظات امنیتی و دفاعی که به تأیید ستاد کل نیروهای مسلح می ‌رسد به فاصله هشتصد متر از قلمرو خاکی مناطق آزاد تعیین می ‌شود و از امتیازات قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری - صنعتی ایران مصوب 7 /6 /1372 و اصلاحات بعدی آن برخوردار است.

چ - به منظور زدودن فقر از چهره مناطق آزاد تجاری، سازمان‌ های مناطق آزاد موظفند حداقل یک‌ درصد (1 %) از محل وصول عوارض ورود و صدور کالاها و خدمات این مناطق را از طریق نهادهای حمایتی به محرومان و نیازمندان بومی این مناطق اختصاص دهند.