ـ وظایف کلی معاونت طب سنتی عبارت است از:
۱ـ ترویج مکتب طب سنتی ایران
۲ـ ایجاد تشکیلات مناسب مکتب طب سنتی ایران
۳ـ انجام دادن تحقیقات توسعه‌ای و کاربردی مکتب طب سنتی ایران
۴ـ پیگیری طرحهای تحقیقاتی مکتب طب سنتی ایران تا پایان مرحله نیمه صنعتی و صنعتی
۵ ـ ارائه خدمات علمی ـ فنی در زمینه‌های مختلف مورد نیاز جامعه
۶ ـ حمایت، تشویق و جذب دانشجویان و پژوهشگران جوان و مستعد و برنامه‌ریزی و ایجاد شرایط و امکانات لازم به منظور فراهم آوردن زمینه فعالیتهای علمی و پژوهشی آنان بر مبنای شناخت مشکلات واقعی و نیازهای تخصصی جامعه در زمینه مکتب طب سنتی ایران
۷ـ اجرای دوره‌های رسمی آموزشهای علمی ـ کاربردی مطابق ضوابط و مقررات وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی در زمینه طب سنتی ایران
۸ ـ ایجاد تشکیلات آموزشی و تحقیقاتی مطرح شده در بندهای این ماده بر اساس قوانین و مقررات وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی
۹ـ مشارکت در ایجاد زمینه‌های مناسب برای اشتغال بیشتر فارغ‌التحصیلان دانشگاهی در رشته‌های طب سنتی